各區域科室設立不同，以清新縣為例，設有辦公室、環境管理股、環境監督股、環境監測站。科室職能如下：

一、辦公室

負責人事、黨建、紀檢、監察、文秘、工青婦、計生、保密、檔案、財務等工作;負責會務、接待、保衛、車輛管理及后勤事務等工作;組織執行機關各項規章制度，組織協調全局工作;會同有關部門管理縣級環境保護資金。

二、環境管理股

編制環境保護規劃和環境功能區劃;參與審核本縣有關規劃中的環境保護內容;辦理權限內建設項目環境影響評價文件審批手續。

負責農村生態環境保護、環境宣傳教育、環境信息、環境統計和污染源普查工作;承擔珠江綜合整治、污染源和廠界環境稽查環境保護任期目標責任制和主要污染物總量減排考核工作;發布環境質量狀況等重大環境信息。

三、環境監督股(環境監察分局)

監督、指導檢查全縣環境保護法律、法規、標準的執行情況;實施行政處罰;承擔有關應訴等工作;承辦環境信訪案件的調查處理，輸有關人大議案、政協提案的工作;組織實施排污許可證制度，落實排污申報核定以及排污費的征收管理工作。

組織、實施新建項目“三同時”設施竣工驗收工作;監督檢查污染治理設施運行情況以及限期治理項目任務完成情況等工作;調查處理重大環境污染事故和環境污染糾紛;負責清潔生產審核和輻射管理工作;參與反核反生化恐怖襲擊工作。

四、環境監測站

負責縣域內的日常環境監測、對建設項目的監督監測和委托監測，發布環境狀況公報、重大環境信息，為政府環境保護決策及環境監督執法、排污收費等工作提供科學依據，組織對環境質量狀況進行調查評估、預測預警，組織建設和管理環境監測網。

同時，各股室、站還對應職責權限承辦縣人民政府和上級業務部門交辦的其他事項。

擴展資料：

環保局主要職責：

1、貫徹執行國家和地方環境保護法律、法規、規章和標準，擬訂本縣環境保護規劃和計劃，參與審核本縣有關規劃、計劃中的環境保護內容，組織編制環境功能區劃和環境保護任期目標。

2、負責環境污染防治的監督管理，會同有關部門監督管理飲用水水源地環境保護工作，組織指導城鎮和農村環境綜合整治工作，負責環境監察和環境保護行政稽查，組織實施排污申報登記、排污許可證、重點污染源環境保護信用管理等各項環境管理制度。

3、負責重大環境污染事故和生態破壞事件的調查處理，協調解決環境污染糾紛，指導并監督管理排污費和超標準排污費的征收和使用，會同有關部門管理縣級環境保護資金。

4、負責對重大經濟和技術政策、發展規劃以及重大經濟開發計劃組織環境影響評價，監督建設項目環境影響評價制度和“三同時”制度的執行，審批環境影響評價文件，負責建設項目竣工環境保護驗收。

5、負責環境監測和發布環境狀況公報、重大環境信息，組織對環境質量狀況進行調查評估、預測預警，組織建設和管理環境監測網和環境信息網。

6、開展生態環境保護、清潔生產和環境信息工作，組織、指導和協調環境保護和核事故應急的宣傳教育工作。

7、協助國家和省、市監督管理核設施安全，參與民用核事故應急處理，對電磁輻射和建筑材料的放射性物質防治工作實行統一監督管理，參與反生化、反核和輻射恐怖襲擊工作。

參考資料來源：百度百科-清新縣環境保護局

一、辦公室，職能：負責機關政務工作；負責文電、會務、機要、檔案等機關日常運轉工作；承擔信息、信訪、議案、建議、提案、安全、保密、政府信息公開、接待聯絡、后勤管理等工作；承擔重要事項的組織和督查工作，負責組織協調機關效能建設工作，督促檢查局機關各科室履行職責的情況；承擔全局性重要文稿的起草工作；組織有關地方志、年鑒、大事記的編寫工作；承擔機關及所屬事業單位的人事、隊伍建設、離退休人員的管理和服務工作；承辦機關人員因公（私）出國（境）的有關工作；負責組織協調新聞宣傳工作；負責制定環境保護宣傳教育計劃，并組織實施；負責推動社會組織和公眾參與環境保護；負責黨務、統戰、紀檢監察、群團工作。
二、財務科，職能：負責機關及所屬事業單位的財務、資產管理、內部審計工作；負責組織編報和執行部門年度財務預算，參與監督環保項目資金的使用管理；負責行政、事業經費的預決算及會計核算工作；負責職工住房公積金和有關社會保險的管理工作
三、環境管理科，職能：擬訂本區環境保護總體規劃并組織實施；組織編制環境保護功能區劃；擬訂控制污染物階段性目標和防治措施并組織實施；負責提出其他規劃、計劃中的環境保護內容的意見和建議；指導、協調、參與監督本區對生態環境有影響的自然資源開發利用活動、重要生態環境建設和生態破壞恢復工作；會同有關部門組織開展本區農村生態污染防治和生態保護工作；參與促進循環經濟、環境保護產業發展、清潔生產促進等有關工作；指導街道（地區）鄉鎮的環境保護綜合整治工作；參與本區環境保護重大課題的調查研究及環境形勢綜合分析，并提出對策建議；負責環境保護綜合性文字材料起草工作；負責局計算機及網絡維護管理工作；承辦區環境保護委員會辦公室的日常工作。
四、污染減排科，職能：負責排污許可證、污染設施閑置或拆除行政許可工作；負責組織監督實施污染物排放總量控制和年度削減計劃；負責監督指導減排項目的建設、運行；負責組織實施全區環境綜合整治定量考核；負責環境統計和污染源普查工作。
AQ3700奧立龍總磷、總氮多參數水質分析儀 五、法制科，職能：負責擬訂本區環境保護法制工作規劃和年度計劃并組織實施；負責推進依法行政綜合工作；負責行政執法工作的監督、指導和協調；負責局機關及所屬事業單位人員的法制培訓；承擔全局行政規范性文件的合法性審核和有關備案工作；承擔行政復議、行政賠償和行政訴訟、民事訴訟等有關工作；負責組織行政處罰、行政許可聽證工作。
六、環境影響評價科，職能：按照有關規定審批建設項目環境影響評價文件；負責建設項目主體工程與環境保護設施同時設計、同時施工、同時投產使用的監督管理；負責建設項目竣工環境保護驗收；負責全程辦事代理制受理及有關協調工作。
七、輻射安全管理科，職能：負責本區輻射安全監督管理；負責對本區內放射源和射線裝置實施有效的日常監督管理，對違反《放射性同位素與射線裝置安全和防護條例》規定的行為實施行政處罰；負責編制轄區內輻射事故應急預案，并與公安、衛生部門做好轄區內輻射事故的應急響應工作；負責依法對本區醫療單位實施日常監督管理，并會同有關部門開展執法檢查；組織危險廢物、醫療廢物申報登記。
八、環境保護監測站，職能：負責組織實施環境質量監測和污染源監督性監測，編報環境質量報告書。
九、環境保護監察支隊，職能：負責組織協調環境污染事故和生態破壞事件的調查處理;參與突發環境事件的應急處置;負責本區水體、大氣、固體廢物、噪聲、惡臭等環境污染防治的日常監督管理;會同有關部門監督管理水源防護區環境保護工作;參與本區城市環境綜合整治工作，組織開展環境保護執法檢查;負責限期治理、排污申報登記、排污收費、建設項目主體工程與環境保護設施同時設計、同時施工、同時投產使用執行情況檢查；負責組織實施本區污染源監督性在線監測；負責依法對本區危險化學品企業實施日常監督管理，并會同有關部門開展執法檢查。
總磷、總氮 十、機動車排放管理站，職能：貫徹落實國家和市有關機動車污染控制的法律法規、政策和標準，落實市政府控制大氣污染的相關措施；負責制定本區機動車排放監督檢查工作計劃并組織實施；負責對本區機動車尾氣排放、外地進京車輛和群眾舉報排放超標車輛進行監督檢查；負責采用遙感技術對機動車排放進行檢測；負責收集、分析機動車排放的有關資料和數據。
十一、環境影響評估中心，職能：負責建設項目申報前期的現場調查；負責分析環境影響評價文件的可行性；負責組織專家對重點敏感項目進行論證及咨詢；負責對本區建設項目環境影響報告書（表）及竣工驗收報告等技術文件擬寫技術評估意見。