缺點是：投資大，費用較氯化消毒高；水中O3不穩定，控制和檢測O3需一定的技術；消毒后對管道有腐蝕作用，故出廠水無剩余O3因此需要第二消毒劑；與鐵、錳、有機物等反應，可產生微絮凝，使水的濁度提高；臭氧氧化含有溴離子的原水時會產生溴酸根。溴酸根已被國際癌癥研究機構定為2B級潛在致癌物，WHO建議飲用水的最大溴酸根含量為25μg/L，美國環保局(USEPA)飲水標準中規定溴酸根的最高允許濃度為10μg/L。臭氧氧化過程中溴酸鹽的生成有臭氧氧化和臭氧/氫氧自由基氧化兩種途徑，控制溴酸鹽可以從控制其形成和生成后去除兩個方面進行。降低pH、添加氨氣、氯-氨工藝和優化臭氧化條件是控制溴酸鹽形成的方法，溴酸鹽生成后則可以利用物理、化學和生物方法去除。因此要實現臭氧、致病菌與溴酸鹽三者的平衡需進一步探討臭氧滅菌機理及溴酸鹽控制方法。